名誉理事长
海闻，博士，经济学讲席教授，北京大学校务委员会副主任（原副校长），汇丰商学院创院院长，北京大学教育基金会第一任秘书长。北京大学深圳研究生院教育基金会名誉理事长，2022年5月起，领导基金会开展工作。
理事长
杨震，博士，化学生物学教授，深研院常务副院长，协助院长全面统筹学院日常行政工作，协助院长负责科研、人事、财务工作；基金会理事长，校友会常务副会长。
1995年7月至1998年7月，任美国Scripps Research Institute助理教授；
1998年7月至2001年7月，任哈佛大学医学院化学与生物学研究所助理教授；
2001年9月至2006年9月，任北京大学化学与分子工程学院教育部长江特聘教授；
2006年9月至2008年，任北京大学化学与分子工程学院教授；
2008年至今，任北京大学化学生物学与生物技术学院院长；
2008年至2020年，任北京大学深圳研究生院副院长；
2020年至今年，任北京大学深圳研究生院常务副院长。
副理事长、秘书长
牛宏伟，硕士研究生学历，法律硕士。深研院副院长，协助院长负责校园规划建设、总务、信息化工作；基金会副理事长，校友会副会长（原常务副会长）。
2005年7月至2009年11月，任北京大学深圳研究生院学工处副处长兼团总支书记；
2009年11月至2011年11月，任北京大学深圳研究生院两办主任；
2011年11月至2013年1月，任北京大学深圳研究生院院长助理兼两办主任；
2013年1月至今，任北京大学深圳研究生院副院长。
基金会党支部书记、副秘书长
黄秀兰，研究生学历，地理信息系统硕士，临床心理学硕士，教育基金会副秘书长，党支部书记。现任深研院校友办副主任（主持工作），深研院校友会秘书长，深圳市北京大学校友会兼职副秘书长。
2008年6月至2016年9月，任北京大学深圳研究生院国家级重点实验室“城市人居环境科学与技术重点实验室”、“土地利用规划与数字城市工作室”助理研究员、北京大学（深圳）规划设计研究中心GIS所所长助理、国土资源部公益性行业科研专项科研管理；
2016年9月至2021年9月，任北京大学深圳研究生院发展办校友工作专员；
2020年9月至今，任2020级城规班第二班主任；
2021年9月至今，任北京大学深圳研究生院基金会副秘书长/校友工作办公室副主任。